pubmed

name: pubmed description: 生物医学文献の検索・取得・分析を行うスキル。PubMed E-utilities API を使用して、3,600万件以上の医学文献データベースにアクセス。ユーザーが「PubMed で検索」「医学論文を探す」「文献レビュー」「最新の研究を調べる」「関連論文を見つける」などのリクエストをした際に使用。がん、免疫療法、COVID-19、薬剤、臨床試験など、あらゆる生物医学トピックに対応。

PubMed 文献検索スキル

概要

このスキルは、PubMed E-utilities API を使用して生物医学文献の検索・取得・分析を効率的に行います。3,600万件以上の論文データベースから、関連性の高い文献を見つけ、詳細情報や抄録を取得できます。

ワークフロー

ステップ1: 検索戦略の決定

ユーザーのリクエストに基づいて、適切な検索戦略を選択します。

検索タイプ:

キーワード検索 - 一般的な文献検索
- 例: 「がん免疫療法に関する最新の研究を探してください」
- 使用ツール: scripts/pubmed_search.py search
特定論文の取得 - PMID が分かっている場合
- 例: 「PMID 12345678 の論文の詳細を教えてください」
- 使用ツール: scripts/pubmed_search.py fetch
関連論文の探索 - 既知の論文から関連文献を見つける
- 例: 「この論文に関連する研究を探してください」
- 使用ツール: scripts/pubmed_search.py related

ステップ2: 検索の実行

適切なコマンドとパラメータで検索を実行します。

コマンドリファレンス

python scripts/pubmed_search.py --help

キーワード検索

python scripts/pubmed_search.py search "cancer immunotherapy" \
  --max-results 20 \
  --sort pub_date \

検索クエリの構築:

複数キーワード: "cancer AND immunotherapy"
OR 検索: "cancer OR tumor"
フレーズ: "\"lung cancer\""
フィールド指定: "cancer[Title] AND 2023[PDAT]"
論文タイプ: "cancer AND Randomized Controlled Trial[PT]"

検索の最適化:

広すぎる結果の場合: フィールド指定や日付範囲で絞り込む
狭すぎる結果の場合: 同義語や OR 検索で拡張
日本語文献: Japanese[Language] または Japan[Affiliation] を追加

詳細な検索構文は references/api_reference.md を参照。

論文詳細の取得

python scripts/pubmed_search.py fetch 12345678,87654321

複数の PMID をカンマ区切りで指定可能。

ステップ3: 結果の分析と提示

取得した結果を解析し、ユーザーに分かりやすく提示します。

提示する情報:

タイトル: 論文のタイトル
著者: 主要著者（3名まで + et al.）
雑誌: 掲載雑誌名
出版年月: 出版時期
PMID: PubMed ID（一意の識別子）
URL: PubMed の論文ページ
DOI: デジタルオブジェクト識別子（利用可能な場合）
抄録: 論文の要約（詳細取得時）

分析のポイント:

検索結果の総数を報告
最も関連性の高い論文をハイライト
研究のトレンドや傾向を特定
臨床試験、メタアナリシス、レビュー論文などの重要な論文タイプを指摘

ステップ4: フォローアップ

必要に応じて追加の検索や分析を提案します。

よくあるフォローアップ:

特定の論文の詳細取得
検索条件の調整（日付範囲、論文タイプなど）
関連論文の探索
文献レビューのための体系的な検索戦略

よくある使用例

例1: 特定トピックの最新研究

ユーザー: 「COVID-19 ワクチンに関する2023年の最新研究を探してください」

実行:

python scripts/pubmed_search.py search \
  '"COVID-19" AND vaccine AND 2023[PDAT]' \
  --max-results 20 \
  --sort pub_date

例2: ランダム化比較試験のみ

ユーザー: 「糖尿病治療のランダム化比較試験を見つけてください」

実行:

python scripts/pubmed_search.py search \
  'diabetes treatment AND Randomized Controlled Trial[PT]' \
  --max-results 20 \
  --sort pub_date

例3: 日本語文献の検索

ユーザー: 「日本の研究機関による認知症の研究を探してください」

実行:

python scripts/pubmed_search.py search \
  'dementia AND Japan[Affiliation]' \
  --max-results 20

例4: レビュー論文のみ

ユーザー: 「がん免疫療法のレビュー論文を探してください」

実行:

python scripts/pubmed_search.py search \
  'cancer immunotherapy AND (Review[PT] OR Meta-Analysis[PT] OR Systematic Review[PT])' \
  --max-results 20

例5: 特定著者の論文

ユーザー: 「山中伸弥氏の最近の論文を探してください」

実行:

python scripts/pubmed_search.py search \
  'Yamanaka S[Author] AND "last 2 years"[PDAT]' \
  --max-results 20

API 制限と推奨事項

レート制限

このスクリプトは 自動的に秒間3リクエスト以下に制限 されています。NCBI の利用規約を遵守するため、各リクエスト間に自動的に待機時間が挿入されます。

制限: 3リクエスト/秒（約0.34秒/リクエスト）
自動適用: スクリプトが自動的に制限を適用
追加設定不要: ユーザーは何も設定する必要なし

メールアドレスの指定

NCBI はメールアドレスの指定を推奨しています（問題発生時の連絡用）:

python scripts/pubmed_search.py search "cancer" --email user@example.com

大量リクエストの処理

多数の論文を処理する場合:

レート制限は自動適用されるため、待機時間の考慮は不要
バッチ処理（複数 PMID を一度に fetch）を活用すると効率的
長時間の処理になる場合は、進捗表示の実装を検討

トラブルシューティング

検索結果が0件

クエリが厳しすぎる可能性: AND を OR に変更、日付範囲を拡大
スペルミスを確認
同義語や代替用語を試す

API エラー

HTTP 429: レート制限超過 - リクエスト間隔を広げる
HTTP 400: クエリ構文エラー - クエリを確認
HTTP 500: サーバーエラー - 時間を置いて再試行

requests ライブラリがない

pip install requests

リソース

スクリプト

scripts/pubmed_search.py: PubMed API クライアント
- search: キーワード検索
- fetch: 詳細情報取得
- related: 関連論文検索

リファレンス

references/api_reference.md: PubMed E-utilities API の詳細ドキュメント
- API エンドポイント
- パラメータ仕様
- 検索クエリ構文
- ベストプラクティス

高度な使用例

体系的文献レビュー

複数の検索を組み合わせて包括的なレビューを実施:

広範な検索で全体像を把握
論文タイプでフィルタリング（RCT、メタアナリシス）
日付範囲で絞り込み
関連論文を探索して漏れを防ぐ

引用ネットワークの構築

基準論文から開始
related コマンドで関連論文を取得
各関連論文の詳細を fetch で取得
引用関係を分析

トレンド分析

年ごとに検索を実行し、研究トレンドを可視化:

for year in {2020..2024}; do
  python scripts/pubmed_search.py search \
    "CRISPR AND ${year}[PDAT]" \
    --max-results 1
done

注意事項

PubMed のデータは公開情報ですが、論文本文へのアクセスには出版社の許可が必要な場合があります
抄録は著作権で保護されている場合があるため、商用利用には注意が必要です
API の利用規約を遵守してください: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/policies/