By name: submit-package description: "投稿包组装。生成期刊可直接上传的完整投稿材料。触发词：'打包投稿'、'投稿包'、'submit package'。" argument-hint: [manuscript文件和目标期刊] allowed-tools: Bash(*), Read, Write, Edit, Grep, Glob, WebSearch, WebFetch, Agent
投稿包组装 - 投稿阶段产物
概述
科研军团流水线的倒数第二站。将论文及所有配套材料组装为期刊可直接上传的投稿包。执行前置门控检查，确保质量审查已通过且引用已验证，然后将 Markdown 转换为 Word 格式并组装全部投稿文件。最终对外交付由 /delivery 收口。
前置门控
在组装投稿包之前，必须通过以下检查：
| 门控项 | 检查内容 | 不通过的处理 |
|---|---|---|
| 质量审查 | REVIEW_STATE.json 中最终得分 ≥ 55（C 级） |
返回 /quality-review 继续迭代 |
| 引用验证 | verified_ref_pool.md 中无 failed 引用被使用 |
返回 /ref-manager verify |
| 图表完整 | figures/ 中所有图表文件存在 |
返回 /academic-figure 补图 |
| 无遗留标记 | manuscript.md 中无 [VERIFY] 或 [TODO] 标记 | 逐一解决后继续 |
任一门控不通过，立即报告并给出具体修复指引，不强行组装不合格的投稿包。
流程
Step 1: 确定目标期刊规范
- 读取用户指定的目标期刊（或从 requirement_v1.md 获取）
- 通过 WebSearch 查询该期刊的投稿指南：
- 字数限制（摘要、正文）
- 参考文献格式（Vancouver/APA/自定义）
- 图表要求（格式、大小、分辨率）
- 必需的附加文件（Cover Letter、清单等）
- 文件命名规范
- 若无法获取具体期刊规范，使用通用医学期刊默认配置
Step 2: Markdown 转 Word
- 使用 pandoc 将
manuscript.md转换为 docx 格式：pandoc manuscript.md -o manuscript.docx --reference-doc=template.docx - 若 pandoc 不可用，使用 Python (python-docx) 作为备选方案
- 转换后检查：
- 标题层级正确
- 表格格式完整
- 参考文献编号连续
- 无乱码或格式错误
Step 3: 图表文件整理
- 将
figures/中的 TIFF 文件复制到投稿包目录 - 确认所有图表：
- 分辨率 ≥ 300 DPI
- 文件命名符合期刊要求（如 Figure_1.tiff）
- 文件大小在期刊限制内
- 生成独立的图例文件（如期刊要求）
Step 4: Cover Letter 撰写
生成 cover_letter.md（后转 docx），结构：
Dear Editor,
[第一段: 投稿声明——论文标题、研究类型、目标栏目]
[第二段: 研究重要性——为什么这项研究值得发表]
[第三段: 主要发现——1-2 句核心结论]
[第四段: 适合该期刊的理由——与期刊 scope 的匹配度]
[第五段: 声明——原创性、无重复投稿、所有作者同意]
Sincerely,
[通讯作者]
Step 5: 报告清单生成
根据研究类型生成对应的报告清单：
| 研究类型 | 清单 |
|---|---|
| 观察性研究（队列/病例对照/横断面） | STROBE |
| 随机对照试验 | CONSORT |
| 系统综述/Meta 分析 | PRISMA |
| 诊断准确性研究 | STARD |
| 预后研究 | TRIPOD |
逐条对照清单项，在论文中标注对应位置（页码/段落）。
Step 6: 作者声明文件
生成 declarations.md（后转 docx）：
# 作者声明
## 利益冲突
[声明所有作者的利益冲突或"无"声明]
## 资金来源
[列出基金资助信息]
## 伦理审批
[伦理委员会名称、审批编号]
## 知情同意
[患者知情同意声明]
## 数据可获取性
[数据共享声明]
## 作者贡献
[CRediT 格式的作者贡献声明]
## AI 使用声明
本研究使用 AI 工具辅助数据分析和论文撰写。所有 AI 生成内容均经过作者审查和验证。
AI 工具不列为论文作者。
Step 7: 投稿包组装
创建 submission_package/ 目录，包含：
submission_package/
├── manuscript.docx # 论文正文
├── figures/
│ ├── Figure_1.tiff # 图表文件（300+ DPI）
│ ├── Figure_2.tiff
│ └── ...
├── tables/
│ └── Table_1.docx # 独立表格文件（如期刊要求）
├── cover_letter.docx # 投稿信
├── checklist_STROBE.docx # 报告清单（视研究类型而定）
├── declarations.docx # 作者声明
├── figure_legends.docx # 图例汇总
└── 投稿说明.md # 投稿操作指引
Step 8: 投稿说明生成
生成 投稿说明.md，包含：
- 目标期刊名称和投稿网址
- 投稿系统操作步骤
- 各文件的上传顺序和对应栏目
- 审稿周期预估
- 注意事项
输出
submission_package/目录 — 完整投稿包投稿说明.md— 操作指引- 更新
progress.md标记投稿包阶段完成
关键规则
- 门控不可跳过：质量审查未通过不组装投稿包，即使用户催促也要先过质量关
- 格式以期刊为准：不同期刊要求不同，必须查阅具体投稿指南
- AI 使用必须声明：论文中使用 AI 辅助必须在声明中如实披露
- 文件命名规范：遵循期刊命名要求，不可使用中文文件名（投稿系统可能不支持）
- 投稿包不是最终终态：
submission_package/是/delivery的输入，而不是最终对外交付目录 - 最终检查：组装完成后逐一打开每个文件确认无误，再进入
/delivery - 大文件处理：如果 Write 工具因文件过大失败，立即用 Bash (cat << 'EOF' > file) 分块写入。不要询问用户——直接执行