prepare-protein

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对蛋白pdb文件,进行预处理,对N、C端进行封端,对特定残基进行离子化,弥补缺失的原子等。得到准备好的pdb文件

golab-ai By golab-ai schedule Updated 2/28/2026

name: prepare_protein description: 对蛋白pdb文件,进行预处理,对N、C端进行封端,对特定残基进行离子化,弥补缺失的原子等。得到准备好的pdb文件 license: Proprietary. LICENSE.txt has complete terms

Overview

对蛋白pdb文件,进行预处理,对N、C端进行封端,对特定残基进行离子化,弥补缺失的原子等。得到准备好的pdb文件

Arguments

参数名 类型 必填 描述
input_file string 输入的pdb文件
output_file string 预处理后,输出的pdb文件
output_path string 文件输出的目录,默认输出在当前文件下

Quick Start

##如果有输出文件名,和输出的文件夹

craton prepare protein -i {{input_file}} -of {{output_file}} -o {{output_path}}

##有输出文件名,没有输出的文件夹

craton prepare protein -i {{input_file}} -of {{output_file}}

##缺失输出文件名和输出的文件夹

craton prepare protein -i {{input_file}}
Install via CLI
npx skills add https://github.com/golab-ai/Huntianling --skill prepare-protein
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